W większości przypadków choroba Hashimoto prowadzi do niedoczynności tarczycy. To jeden z jej objawów, prowadzący do poważnych komplikacji, których wynikiem jest destrukcja gruczołu, a nawet wystąpienie wola. Nieleczona lub nieprawidłowo leczona może doprowadzić do rozwoju insulinooporności, a w konsekwencji cukrzycy lub neurologicznych zmian w mózgu. Kobiety mogą mieć trudności z zajściem w ciążę.
Dodatkowo rozwinięte wole tarczycowe może w skrajnych przypadkach utrudniać oddychanie i połykanie, poza tym stanowi widoczny defekt estetyczny. Nieleczona niedoczynność tarczycy w dużym stopniu przyczynia się do wystąpienia miażdżycy, zawałów, osteoporozy lub depresji. Choroba Hashimoto rzadko może wywołać nadczynność tarczycy.
